Nuclear and plastidial SNP and INDEL markers for genetic tracking studies of Jacaranda copaia

Sebbenn, Alexandre M.; Blanc‑Jolivet, Celine; Mader, Malte; Meyer‑Sand, Barbara; Paredes Villanueva, Kathelyn; Honorio Coronado, Eurídice; García Dávila, Carmen; Tysklind, Niklas; Troispoux, Valerie; Delcamp, Adline; Degen, Bernd

doi:https://doi.org/10.1007/s12686-019-01097-9

Nuclear and plastidial SNP and INDEL markers for genetic tracking studies of Jacaranda copaia

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Date

2019-05

Authors

Sebbenn, Alexandre M.

Blanc‑Jolivet, Celine

Mader, Malte

Meyer‑Sand, Barbara

Paredes Villanueva, Kathelyn

Honorio Coronado, Eurídice

García Dávila, Carmen

Tysklind, Niklas

Troispoux, Valerie

Delcamp, Adline

Publisher

Springer Nature

Abstract

Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL nucleares y plastidiales utilizando la secuenciación del ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación del genoma MiSeq de baja cobertura con fines de genética de poblaciones y seguimiento de la madera en la especie maderera neotropical Jacaranda copaia. Se utilizaron 407 SNPs nucleares, 29 de cloroplasto y 31 de loci mitocondriales para genotipar 92 individuos de Brasil, Bolivia, Guayana Francesa y Perú. Sobre la base de las elevadas tasas de amplificación y la diferenciación genética entre poblaciones, se seleccionaron 113 SNP nucleares, 11 de cloroplasto y 4 loci mitocondriales, y se validó su uso para el seguimiento genético del origen de la madera.

Keywords

Jacaranda copaia, Genotipos, Muestreo secuencial, Huellas genéticas ADN, Trazabilidad, Madera tropical, Polimorfismo de un solo nucleótido

Citation

Sebbenn, A.M., Blanc-Jolivet, C., Mader, M. et al. Nuclear and plastidial SNP and INDEL markers for genetic tracking studies of Jacaranda copaia. Conservation Genet Resour 11, 341–343 (2019). https://doi.org/10.1007/s12686-019-01097-9