Diversity of Native Trichoderma spp. Associated with Theobroma cacao and Citrus sinensis Crops in Peruvian Amazon: First Report for San Martín Region

Abstract

Las especies del género Trichoderma son reconocidas como agentes de control biológico y promotoras del crecimiento vegetal con aplicaciones en la agricultura sostenible. A pesar de la importancia económica de los cultivos de cacao y naranja en la región San Martín de la Amazonía peruana, la diversidad de Trichoderma nativas asociadas a estos cultivos no había sido documentada. Este estudio proporciona el primer reporte de la diversidad de Trichoderma en suelo rizosférico y tejidos vegetales de Theobroma cacao y Citrus sinensis en esta región. El muestreo se realizó en 18 sectores a través de cinco distritos (195–785 m s.n.m.). La identificación molecular se llevó a cabo utilizando el marcador del gen del factor de elongación de la traducción 1-alfa (tef1), con análisis BLAST de NCBI frente a GenBank y análisis filogenético mediante el método Neighbor-Joining. De 59 aislamientos iniciales, se identificaron exitosamente 18 cepas. Se encontraron siete especies putativas (T. koningiopsis, T. reesei, T. lentiforme, T. longibrachiatum, T. harzianum, T. spirale y T. azevedoi ) asociadas al cacao, mientras que cuatro especies putativas (T. erinaceum, T. parareesei, T. longibrachiatum y T. virens ) fueron identificadas en cultivos de naranja. La identidad de secuencia osciló entre el 94.38% y el 100%. La comparación BLAST devolvió inicialmente puntuaciones de identidad iguales entre T. harzianum y T. lentiforme para cinco cepas (T-3, T-11, T-14, T-15 y T-16); la posterior ubicación filogenética resolvió las cinco dentro del clado de T. lentiforme. La ubicación filogenética también refinó dos identificaciones adicionales: la cepa T6-SR-B se agrupó con T. azevedoi en lugar de T. harzianum, y la cepa T12-R-A se agrupó con la especie hermana T. parareesei en lugar de T. reesei. Estos hallazgos establecen una línea base para la biodiversidad de Trichoderma en la región e identifican candidatos potenciales para aplicaciones de biocontrol.