New Mitogenomic Resources for the Caiman yacare (Daudin, 1802) From Bolivia

Abstract

Este estudio aborda el estado evolutivo de una población recientemente descubierta de Caiman yacare fuera del límite occidental de su área de distribución en Bolivia, proporcionando nuevos recursos genómicos mitocondriales. A pesar de su importancia para la conservación, se han generado pocos genomas mitocondriales completos para los cocodrilos sudamericanos, y la mayoría de los disponibles provienen de individuos en cautiverio, lo que limita su utilidad para aplicaciones taxonómicas y de conservación. Para cerrar esta brecha, generamos genomas mitocondriales completos para seis individuos silvestres de esta población recientemente descubierta en Bolivia. Estos datos complementan las secuencias previamente disponibles y proporcionan recursos esenciales para aplicaciones forenses y de conservación. Los mitogenomas se ensamblaron y anotaron utilizando MEGAHIT y MitoZ. Los análisis de delimitación de especies utilizando cinco métodos independientes revelaron siete linajes mitocondriales (MOTU) dentro del género Caiman, mientras que el propio C. yacare formó un único MOTU con dos filogrupos de distribuciones geográficas distintas. Los seis nuevos genomas se agruparon dentro del filogrupo de Madeira. Los análisis filogenéticos y de coalescencia sugieren que esta población recientemente documentada conserva una alta diversidad haplotípica a pesar de estar ubicada en el margen de la distribución del rango de la especie. Este estudio proporciona los primeros mitogenomas de C. yacare silvestre y aporta datos valiosos para comprender la estructura de la población, la divergencia de linajes y para informar las estrategias de manejo.